Vanaf het begin van de oorlog boycotten sommige landen Pilsner Urquell als Duits product en daarom ging de export uitsluitend naar Duitsland. De brouwerij produceerde "zwak oorlogsbier" en overleefde alleen omdat ze bier leverde aan de arbeiders van de Škoda-fabrieken.

Tijdens de oorlog werden bij elk van deze brouwerijen beschermende constructies gebouwd die "Splitterschutzzelle" (uitkijktorens) of "Einmannbunker" (eenmansbunker) werden genoemd. Het waren eenvoudige prefab betonnen cilinders met smalle openingen en ze behoorden waarschijnlijk tot de eerste geprefabriceerde versterkte constructies. Ze boden geen adequate beschutting tijdens luchtaanvallen, maar werden gebruikt als observatietorens voor geposteerde patrouilles.

Tegen het einde van de oorlog werd Pilsen gebombardeerd en beide brouwerijen werden zwaar beschadigd terwijl de Gambrinus bijna volledig werd verwoest. Nadat het bombardement voorbij was, gebruikten brandweerpatrouilles deze observatietorens om de resultaten van het luchtoffensief in de gaten te houden en om te helpen bij het opsporen van niet-geëxplodeerde bommen.