Tijdens de mobilisatie in 1939 werd het fort gereedgemaakt als infanteriesteunpunt. Het diende als voorpost voor de Grebbelinie. Er werden zeven kazematten rond het fort gebouwd en loopgraven en schuttersputten gegraven. Bij het uitbreken van de oorlog, op 10 mei 1940, werd het fort al snel omsingeld. Een dag later restte niets anders dan overgave.  

Omdat het fort op de splitsing van rivieren een oriëntatiepunt was voor vliegtuigen, werd er een Duits luchtafweergeschut (FLAK) geplaatst. De Duitse bezetter bracht ook soldaten en krijgsgevangenen onder in het fort. 

Na de bevrijding keerden de bewoners van het geëvacueerde Pannerden terug naar hun grotendeels platgeschoten dorp. Bij gebrek aan alles werden veel bouwmaterialen (vooral hout en stenen) uit het fort gesloopt ten behoeve van huizenbouw. Naderhand werd er ook veel munitie gevonden die er tijdens de oorlog was gedumpt. 

Tegenwoordig is Fort Pannerden een museum met veel activiteiten voor jong en oud.