Toen het bombardement op 10 januari 1941 toesloeg, handelde koster J. Heaten snel. Met de hulp van matrozen en piloten die in de buurt gestationeerd waren, slaagden ze erin de kansel aan de westkant van het gebouw te redden. Het schip en het hoofdgedeelte van het gebouw verloren echter hun dak door het bombardement. Tot op de dag van vandaag hebben ze geen dak meer en daarom is het een symbolische herinnering aan de luchtaanvallen waaronder Portsmouth tijdens de oorlog te lijden had.

De volgende paasdagen werden er nog steeds diensten gehouden, nadat het puin was opgeruimd en het koor was afgescheiden.

In de kerk zijn nu prachtige gebrandschilderde ramen te zien. Het belangrijkste kerkraam beeldt de geschiedenis van de kerk uit, vanaf de oprichting tot aan de Tweede Wereldoorlog. Een extra legerraam herdenkt de militaire betrokkenheid van Portsmouth. Het centrale raam van de legerafdeling is een viering van D-Day en toont een soldaat en de invasievloot in Port-Solent voordat ze naar Frankrijk vertrokken. Het raam van het 8e Leger toont oorlog in de woestijn, een voorstelling van de divisies die tijdens de Tweede Wereldoorlog in Noord-Afrika vochten en een herdenking van degenen die het leven lieten.

De Royal Garrison kerk wordt nu soms de 'British Military Cathedral' genoemd en blijft een van de meest herkenbare monumenten van Portsmouth. Het viert zijn rijke geschiedenis door zowel de glas-in-loodramen als het ongerepareerde dak. De kerk herinnert aan de verwoesting die oorlog aanricht en staat symbool voor de enorme uitdaging om een land weer op te bouwen na de verwoestingen van de oorlog.

De kerk kan worden bezocht door het publiek en staat onder toezicht van English Heritage.