Zo liepen de loopgraven dwars door het voorste deel van het park en werd op het terrein het gebouw van de voormalige veevoederfabriek gevorderd. Waar dit gebouw eerst dienst deed als pakhuis werden er nu de maaltijden bereid voor de honderden militairen die rond het park waren gelegerd. Ook kwamen er legerpaarden te staan.

Het park zelf was in de acht jaar na de opening uitgegroeid tot een volwaardige dierentuin. Alle belangrijke dieren liepen er rond, en bij voorkeur in grote aantallen. Maar de aanwezigheid van zoveel roofdieren was volgens de Nederlandse legerleiding levensgevaarlijk. Bij een Duitse aanval zouden zeker ook de dierenverblijven bij de beschietingen worden geraakt. Het risico dat de beesten daarbij vrijkwamen was te groot. Daarom moesten ze preventief worden geruimd.

Met bloedend hart bracht directeur Cornelis Ouwehand zelf het vonnis ten uitvoer. Liever doodde hij de dieren zelf dan dat het leger dit zou doen. Alleen de ijsberen - een moeder met haar twee kleintjes - wist hij in veiligheid te brengen. In het boek ‘Het vaderland spreekt tot de jeugd’ (dat na de oorlog verschijnt) schrijft Cor Ouwehand: “Onder het geronk van de nog altijd overvliegende Duitse machines, begeleid door het donderende afweervuur, maak ik de zware gang langs de roofdierenverblijven, mijn zenuwen zo goed mogelijk beheersend om de dieren niet nodeloos te doen lijden. Een voor een vallen mijn leeuwen, tijgers en beren...”

Majoor Landzaat en ‘Het Paviljoentje’

Op 11 mei 1940 werd Ouwehand gedwongen zijn park te verlaten. De schuilkelder achter het woonhuis werd door de plaatselijke legercommandant gevorderd. De hevige gevechten de dagen erna resulteerden erin dat ook het grootste deel van de dierentuin werd verwoest. Het gebied rondom de dierentuin werd dapper verdedigd door Majoor Willem Pieter Landzaat (1892-1940), de commandant van het 1e bataljon van het 8e Regiment Infanterie. Tijdens de Slag om de Grebbeberg verdedigde hij met zijn mannen een van de laatste verdedigingspunten: ‘Het Paviljoentje’, een horeca-instelling bij de ingang van Ouwehands Dierenpark. Onder hevig vuur bleef hij standhouden, ook toen de situatie uitzichtloos werd. Uiteindelijk geeft hij zijn manschappen toestemming om te vertrekken. Zelf besluit hij te blijven. Na de capitulatie worden de stoffelijke resten van de majoor teruggevonden onder het puin van het ingestorte ‘Paviljoentje’.

Na de meidagen begon Ouwehand zijn park te herstellen. Al in 1940 ging het park weer open, maar toen in 1944 de geallieerde legers naderden, waren het de Duitse militairen die de nieuwverworven roofdieren afschoten en veel andere dieren slachtten ter consumptie. Om zoveel mogelijk dieren te redden trokken de verzorgers met een hele karavaan van Rhenen naar Veenendaal. Aan het eind van de oorlog kon Ouwehand voor de derde keer zijn park opbouwen.

De weduwe van Majoor Willem Pieter Landzaat liet later op de plek van ‘Het Paviljoentje’ een huisje bouwen ter nagedachtenis aan hem. Dit witte huisje staat er nog steeds. In de voorgevel is een gedenksteen bevestigd ter nagedachtenis aan de majoor. Majoor Landzaat werd postuum onderscheiden voor zijn moed en zelfopoffering. Hij ligt begraven op Militair Ereveld Grebbeberg.