De bevolking van de kernen in de Over-Betuwe kreeg het zwaar, want het geweld kwam van beide kanten. In Doornenburg, Gendt, Angeren, Huissen en Elden kwamen burgers om het leven bij geallieerde artilleriebeschietingen. Gewonden en vluchtelingen vonden in Doornenburg onderdak in klooster Maria Magdalena en Kasteel Doornenburg.

Op 2 oktober 1944 voerden de geallieerden zware bombardementen uit op het bezette Doornenburg met als gevolg vele dodelijke slachtoffers. Gewonden vonden verpleging in het nonnenklooster, de pastorie en op het kasteel. Er was een Rode Kruispost ingericht. Die bood onderdak aan ruim 150 mensen, de bewoner, onderduikers, bejaarden, gewonden en vluchtelingen.

De stellingenoorlog die begin oktober begonnen was, bracht een evacuatiestroom op gang. Op 7 oktober gelastten de Duitsers de evacuatie van de inwoners van Doornenburg. De mensen vluchtten onder erbarmelijke omstandigheden en voortdurende beschietingen over de rivierdijken en de pont over het Pannerdensch kanaal weg van het oorlogsgeweld naar het nog bezette noorden. De Duitse bezetters hebben tot maart 1945 het kasteel in handen gehad. In januari 1945 verwoestten geallieerde bommenwerpers een deel van het kasteel en in maart maken Typhoons van de hoofd– en voorburcht een ruïne. Wat er nog stond werd opgeblazen door de Duitsers.

In februari 1945 zetten de geallieerden een definitieve aanval in richting Duitsland. Die resulteerde uiteindelijk in de Rijnoversteek in maart 1945. Op 2 april waren de Overbetuwse plaatsen bevrijd van de bezetters. Na 1945 nam de Stichting tot Behoud van den Doornenburg het besluit om het kasteel voor de tweede keer te restaureren.