Kurt Prüfer ontwierp al sinds 1920 crematieovens. Hij hechtte veel waarde aan het naleven van de hoogste normen van vroomheid: crematies mochten in geen geval tot slechts afvalverwerking worden gereduceerd. De bouw van ovens voor crematoria was een veelbelovende bedrijfstak. Bij J.A. Topf & Söhne vormde het in eerste instantie echter maar een klein deel van de werkzaamheden. Het bedrijf maakte weinig omzet en het werk leverde Prüfer dus ook maar weinig geld op. Hij was dan ook niet tevreden met zijn inkomen en zijn positie in het bedrijf. 

In 1939 begon de SS met de bouw van crematoria in de concentratiekampen. Prüfer, lid van de NSDAP sinds 1933, zag dit als een kans om zich als specialist te onderscheiden en zijn verdienmodel uit te bouwen. De ovens die hij voor de SS bouwde, waren technisch gelijk aan verbrandingsovens voor dood vee. Begrippen als vroomheid en de bepalingen van de crematiewet speelden voor hem, zijn leidinggevenden en de SS geen rol meer. 

Tussen 1939 en 1940 waren ovens van Topf & Söhne in gebruik in het concentratiekamp Buchenwald. Orders voor andere concentratiekampen volgden. Dode gevangenen werden nu verbrand als afval. In de loop van de oorlog bouwde Prüfer op eigen initiatief steeds krachtigere verbrandingsinstallaties. Het doel: zo veel mogelijk lijken verbranden in zo kort mogelijke tijd, en het bewijs van de misdaden uitwissen. 

In 1942 werden in Buchenwald twee nieuwe ovens met elk drie verbrandingskamers in gebruik genomen. Prüfer zag dit als een succes en wilde dan ook financiële erkenning krijgen. Hij schreef aan zijn leidinggevenden: "De prestaties van de ovens liggen 1/3 hoger dan ik had gepland. [...] Daarom verzoek ik u mij de beloofde beloning zo spoedig mogelijk te betalen." Het bedrijf leverde ook ovens van hetzelfde type aan het concentratie- en vernietigingskamp Auschwitz-Birkenau, waar Prüfer toezicht hield op de bouw van de gaskamers en crematoria. Zijn zucht naar erkenning kende geen grenzen. In 1943 diende hij bij de SS plannen in om het massamoordproces in de gaskamers van Birkenau te versnellen. 

Na het einde van de oorlog zette Prüfer zijn werk bij Topf & Söhne voort. In maart 1946 werden hij en andere collega's door Sovjetofficiers gearresteerd wegens de in Auschwitz gepleegde misdaden. Twee jaar later werd hij in Moskou veroordeeld tot 25 jaar in een strafkamp. Op 24 oktober 1952 stierf hij in gevangenschap.